1869—1909年,查尔斯·威廉·艾略特(Charles William Eliot)担任校长,从根本上使哈佛蜕变为现代美国的研究型大学。查尔斯·艾略特在任校长期间,将课程中固有的基督文化成分删去,让学生能自愿及选择性地去学习相关的宗教文化;他使法学院、医学院获得了新的活力,并且新建了商业管理学院、牙医学院、文理学院,注册学生从1000人上升到3000人,教学人员从49名增加到278名,学校基金从2300万美元增加到2.25亿美元。Eliot的改革措施包括选修课程,小班授课,以及入学考试,此一“哈佛模式”影响了美国国家的高等和中等教育政策。此外,Eliot还负责出版了著名的“哈佛经典”,从多个学科收集“伟大的书”。在1926年逝世后,他的名字已和“哈佛”共同成为美国高等教育的同义词。